El Consejo de Administración de Ciudad Empresarial está compuesto por 5 personas elegidas por la Asamblea de Propietarios. De acuerdo al reglamento interno de Ciudad Empresarial, dura un año en sus funciones, pero sus miembros pueden ser reelegidos indefinidamente.

Paralelamente, el Consejo designa una administración compuesta por un Gerente de Administración, un Administrador General y tres equipos : Administración, Operaciones y Seguridad. Ellos son los responsables de ejecutar lo que el Consejo determina en las asambleas de copropietarios, de acuerdo a los lineamientos que rigen el quehacer del Consejo.